新加坡曾承诺协助马来西亚筹集资金与发展经济，同时双方也决定把马来西亚继续向新加坡提供廉价饮用水和工业用水，和马来西亚保持在新加坡的火车关卡、马来西亚铁道公司在新加坡土地的发展、新加坡使用马来西亚领空、马来西亚公民在新加坡的公积金提取年限、允许新马两地的自动撮合国际股市股票买卖等问题，当做整个系统问题配套讨论解决。

2003年，新马两国为新加坡填海工程再起争执，事因新加坡自2002年起在西部的大士(tuas)和东部的德光岛进行填土工程以扩大这个岛国的土地面积，由于这两个地点离马来西亚柔佛州只有二三公里，所以遭到马来西亚政府的反对。