1961年5月，马来亚联合邦首相东姑阿都拉提出将新加坡、文莱、砂劳约、北婆罗洲和马来亚合并，建立马来西亚的计划，得到新加坡的支持。新加坡自治邦总理李光耀亲自到吉隆坡讨论合并的条件，同意将新加坡的外交、国防和内部安全的权力交给马来西亚中央政府，但保留教育和劳工的地方自治权。

1962年9月1日，新加坡举行全民投票，在有效的625000票中，有379000票支持加入马来西亚，于是新加坡政府决定加入马来西亚，1963年9月16日，马来西亚联邦成立，不过文莱选择不加入。新加坡加入马来西亚联邦的原因之一是扩大经济活动的范围，因为新加坡是一个没有资源的小岛，需要有广大的农村与市场，但是，马来西亚成立后不久，便和印度尼西亚发生对抗，印度尼西亚断绝了同马来西亚的外交关系，禁止两国的商业往来，严重打击了新加坡的经济。